Bodrum Kalesi 19.yy sonlarında hapishane olarak kullanılmış ve bu dönemde hamam yapısı ile Osmanlı niteliği kazanmıştır. Su Altı Arkeoloji Müzesi’nde eserler, Türk Hamamı, Amphora sergilemesi, Doğu Roma Gemisi, Sikke ve Mücevherat Salonu, Cam Salonu, Cam Batığı, Karyalı Prenses Salonu, İngiliz Kulesi, İşkence ve Katliam Odaları ve Alman Kulesi’nde sergilenmektedir. Ayrıca kalede açık mekanlarda da eserler sergilenmektedir.